برای انتخاب کلنی‌های برتر در زنبورستان‌ها، لازم است ویژگیهای اقتصادی و رفتاری مهم هر کلنی، طی سال ارزیابی و جداگانه ثبت گردد. در پایان فصل بر اساس نتایج حاصل، کلنی‌های برتر زنبورستان را به عنوان کلنی‌های مادری و پدری انتخاب و برای وجود آوردن نسل جدید از آنها استفاده می‌کنند.
پرورش‌دهندگان ملکه، کلنی‌های مادری را با ارزیابی کلنی‌های خود انتخاب و در جهت بهبود ویژگیهای تولید، برترین آنها را انتخاب می‌کنند. در مورد انتخاب کلنی‌های پدری یا کلنی های تولید کننده نرهای مورد نیاز برای زمان جفتگیری نیز باید با چنین روشی عمل نمایند، ولی در حال حاضر این امر میان زنبورداران کمتر رایج است. معمولا زنبورداران برترین کلنی‌های خود را به عنوان کلنی‌های مادری مورد استفاده قرار می‌دهند.
زنبورداران با ثبت مشخصات کلنی‌های زنبورستان ازنظر تولید عسل، رفتار دفاعی، رفتار بچه دهی، مقاومت به کنه واروا یا بیماری لوک و دیگر ویژگیهای مورد نظر خود، اطلاعات کاملی از وضعیت کلنی‌های گردآوری می‌کنند و در پایان فصل با توجه به اهداف خود با بهره‌گیری از این اطلاعات کلنی‌های برتر را انتخاب می‌نمایند.
انخاب کلنی‌های برتر گاهی بر اسا یکی از ویژگیهای ارزیابی شده صورت می‌گیرد، ولی اغلب ترکیبی از این ویژگی‌ها در انتخاب کلنی‌ها دخیل است.
زمانی که انتخاب کلنی‌ها بر اساس یک ویژگی باشد کار انتخاب کلنی‌ها خیلی ساده و فقط بر اساس نتایج حاصل از ارزیابی همان ویژگی در طول سال انجام می‌شود. معمولا برترین کلنی‌ها از نظر ویژگی مذکور به عنوان کلنی‌های مادری یا پدری برای تولید نسل بعد مورد استفاده قرار می‌گیرند.
ولی اگر ترکیبی از ویژگیهای مورد نظر زنبوردار باشد، پس از ارزیابی آنها با کنار هم قرار دادن اطلاعات به دست آمده و دادن ضریب مناسب به هر یک از آنها، امتیاز کلنی‌های مشخص می‌شود و انتخاب برترین‌ها صورت می‌گیرد. به نحوی که این ویژگی‌ها به ترتیب اهمیت در انتخاب کلنی‌های برتر ایفا می‌کنند. مثلا تولید عسل در بسیاری مواقع بالاترین ضریب را به خود اختصاص می‌دهد. انتخاب کلنی‌ها برتر براساس ضریب ویژگیهای دیگر نیز در منطقه تعیین و نهایتا با توجه به امتیازات حاصل، کلنی‌های برتر انتخاب می‌شوند.
امروزه ویژگیهای مربوط به رفتار کلنی‌ها و نیز مقاومت در برابر آفات و بیماری‌های مهم منطقه، مورد توجه زنبورداران قرار گرفته است و در کنار تولید عسل، این ویژگی‌ها نیز ارزیابی و در انتخاب کلنی‌های برتر از آنها استفاده می‌شود. کلنی‌های برتر معمولا با توجه به مجموعه ویژگیهای گوناگون انتخاب می شوند. این کلنی ها با دارا بودن ترکیبی از این ویژگی ها، آنها را به نتاج نسل بعد منتقل می‌کنند.
انتخاب کلنی‌های برتر هر زنبورستان در زنبورستان‌های معمولی و حتی ایستگاه های پرورش ملکه خصوصی و دولتی با این روش رایج است.
ولی باید توجه داشت که اصلاح نژاد و انتخاب کلنی‌های برتر در پرورش زنبور عسل نسبت به موجودات دیگر از پیچیدگی بیشتری برخوردار است. به همین دلیل با بهره‌گیری از اصول علمی به این کار پرداخت. زنبورداران بدون توجه به این اصول علمی ضمن عدم دستیابی به نتیجه مطلوب، با افزایش هم خونی و کاهش تولید در سال های بعد رو به رو خواهند شد.
یکی از رایج‌ترین روش‌ها برای اجتناب از این مشکل توجه به نحوه تخمریزی ملکه‌هاست. برای ارزیابی ملکه‌ها معمولا چگونگی تخمریزی آنها روی قاب‌ها بررسی می‌شود. کلنی‌هایی که ملکه آنها مرتب و کامل تخمریزی کرده باشد و در زمان شفیرگی دارای سلول‌های خالی کمتری در لابهلای شفیره‌ها باشند از شرایط مطلوب برخوردار هستند و کلنی‌هایی که دارای سلول‌های خالی بیشتری درلابه‌لای شفیره‌ها برخوردار باشند، نامطلوب هستند و انتخاب نمی‌شوند.
لازم به ذکر است که این وضعیت تخمریزی ملکه با کاهش تنوع ژنتیکی در زنبورستان و افزایش نرهای دیپلوئید ارتباط دارد. در زنبورستانهایی که به دلیل تلاقی های خویشاوندی، تنوع ژنتیکی و تعداد آللهای جنسی کاهش یافته باشد نرهای دیپلوئید بیشتری در کلنی‌ها به وجود می‌آید.
زنبورهای کاگر، نرهای دیپلوئید را در دوره لاروی از کلنی ها حذف می‌کنند و در نتیجه سلول‌های خالی در میان شفیره‌ها دیده می‌شوند. افزایش این سلول‌های خالی در لابهلای شفیره‌ها یک ویژگی نامطلوب برای کلنی‌ها به شمار می‌آید.
بنابراین کلنی‌های برتر با استفاده از اصول صحیح علمی، ضمن افزایش بازدهی کلنی‌ها از بروز مشکلاتی مانند افزایش هموزیگوتی آللهای جنسی و نرهای دیپلوئید نیز جلوگیری می‌نماید. در ایستگاه‌های پرورش ملکه، اننتخاب کلنی‌ها باید بر اساس این اصول علمی انجام شود.